I : Bases pour la mise en forme de texte avec Rmarkdown (utilisation de *, ~)

I.1 Les md qui sont valables dans Rmd

italique = italique

gras = gras = gras

italique gras = italique gras

barré = barré

I.2 Quelques exemples de \(\LaTeX\)

On écrit \(X_1,\dots,X_n\) un échantillons i.i.d. de loi normale. C’est-à-dire,

\[ X_1 \sim \mathcal{N}(\mu, \sigma^2) \]

avec \(\mu\in \mathbb{R}\) et \(\sigma \in \mathbb{R}_+^*\).

(Ref : Latex syntax)

II : Quelques remarques sur les plots

II.1 : Pour changer la taille d’une figure

Voici les deux exemples avec fig.height et fig.width : ils ne changent pas la vraie taille d’une figure. En revanche, ils changent la proportion de longeur et largeur. Attention ! Ce n’est plus valable si on utilise un Rmarkdown normal sans la configuration qu’on a faite.

Figure 1: la courbe de Cosinus (Discription)

Figure 2: la même courbe à une échelle différente

II.2 Matrice de figures

Figure 3: Matrice d’histogrammes

II.3 Un exemple d’utilisation de legend()

X = seq(-10,10,by = 0.1)
n = length(X)
sigma = 4

epsilon = rnorm(n,0,sigma)

f = function(x){
  return(0.02*x^3 + 0.5*x^2 + 5*sin(x))
}

Y = f(X) + epsilon

######################################################################

X_expanded = cbind(X,X^2)
model = lm(Y~X_expanded)
Y_predict = predict(model,data.frame(X))

######################################################################

plot(X, f(X), type = 'l', lwd = 2, xlab = 'X', ylab = 'Y',col = 'darkred')
points(X, Y, type = 'b', lwd = 1, col = 'grey', pch = 1, lty = 2)
lines(X, Y_predict, lwd = 2)
legend('topleft', c('fonction à estimer','observations','estimation'), col = c('darkred','grey',1), lwd = c(2,1,2), pch = c(-1,1,-1), lty = c(1,2,1))
grid()
Figure 4: un exemple avec legend()

III. Cross References

Pour faire référence à une figure dans les commentaires, on peut utiliser Figure 1.

(more details)

Si on veut une figure sans légende :

Figure 5

Attention ! Pour éviter les problèmes de référencement des figures, il faut éviter qu’un bloc de code crée 2 figures. Dans ce cas, il est préférable de créer une matrice de figures avec un seul numéro de figure.

Figure 6: Diagonistique pour le modèle linéaire

IV. Utilisation de rmarkdown

On peut directement copier-coller ce fichier dans Rstudio, tous les packages nécéssaires seront installés automatiquement par Rstudio. Pour l’exécuter, il faut cliquer sur Knit to HTML.

Sinon, il faut installer pandoc et le package rmarkdown de R.

# Ubuntu
sudo apt install pandoc

et

# sous R
install.packages('rmarkdown')

Pour compiler, il faut juste taper

# sous R 
library(rmarkdown)
render('Rmd_template.Rmd')